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對59例EGFR突變的晚期NSCLC患者的腫瘤活檢標本進行了檢測，這些患者以前在1G/2GTKI上經歷過PD。在38例(63%)患者中檢測到EGFRT790M。1G/2GTKI的中位TTP為10.3個月(範圍為1.3-75.8個月)，T790M?組和T790M+組分別為7.4月和13.6個月(HR，1.64;95%CI，0.95-2.83;P=0.07;補充圖S5)。在T790M+和T790M?組之間，之前接受治療的情況沒有差異，包括作為最後線治療的EGFRTKI(65.8%vs.61.9%，P=0.76)、以前使用過化療(76%vs.66%，P=0.75，檢驗)，或化療暴露的持續時間(平均215天vs.175天，P=0.75)。與以前的報告一致，顯微鏡下的組織學轉化是罕見的，一例鱗狀轉化(A450)和另一例混合腺癌小細胞組織學(A092)在基線和耐藥後都觀察到了。

T790M+和T790M?疾病狀態的基因組圖譜

我們首先評估了我們佇列中的體細胞基因組改變（除EGFRT790M外）與38例晚期EGFR突變非小細胞肺癌患者的治療初期佇列（WES資料）的患病率差異。TP53SNV改變在TKI耐藥人群（63%）中比治療初期人群（45%）更為普遍。此外，我們檢測到與治療初期腫瘤相比，治療耐藥腫瘤中TERT和編碼於14q22的三個基因（PTGDR、SAV1和SOS2）的基因組擴增率總體較低。接下來，透過比較T790M+和T790M?，我們試圖確定先前報道的並確定潛在的新的治療可處理耐藥機制?抗TKI的樣品。5例（8%）患者出現MET改變，主要發生在T790M?患者佇列。在一名患者（A056）中，檢測到導致MET外顯子14跳躍（METex14）的剪接位點缺失，外顯子14處的轉錄缺失透過RNAseq資料驗證。該患者還表現出染色體臂7p缺失（EGFR突變缺失）和12q擴增（包含MDM2和CDK4，通常用METex14擴增）。同樣，我們沒有在另一名T790M?患者中檢測到原發性外顯子19缺失/L858R突變（A058），表明失去啟用EGFR突變是獲得性耐藥真正罕見的機制。PIK3CA突變（n=10，17%）和HER2擴增（n=4，7%）是常見的，但基於T790M狀態沒有差異（分別為P=0.69和P=0.54），儘管耐藥腫瘤中PIK3CA改變的頻率（17%）總體上高於晚期治療未經EGFR突變腫瘤的患者（5%，P=0.09）。在PIK3CA突變中，值得注意的是，大多數是克隆的（n=5/7），並且由ClinVar註釋為可能致病的（n=6/7）綜上所述，這表明PI3K訊號在介導TKI抵抗中的作用獨立於T790M狀態。鑑於KEAP1和NFE2L2共突變在產生治療抵抗中的潛在作用。然而，我們沒有在佇列中檢測到任何NFE2L2突變，我們只在T790M+腫瘤（A449）中檢測到一個KEAP1突變。

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